Réseau longitudinal : les cycles des lambris
Certains cycles décoratifs de l’église supposent une lecture progressive du fidèle qui parcourt la nef longitudinalement d’ouest en est. Il s’agit, dans les collatéraux, des scènes sculptées en relief dans les médaillons des lambris situés entre les confessionnaux, relatant la vie des deux fondateurs de l’Ordre, Ignace et François-Xavier. Démarrant de part et d’autre du portail d’entrée, à l’ouest, le cycle consacré à saint Ignace se déploie jusqu’au chœur dans le collatéral sud (à droite). Celui de saint François-Xavier qui lui fait face commence à gauche du portail et se poursuit dans le collatéral nord. Le cycle relate chronologiquement (avec quelques interversions par rapport au récit de la vie de saint Ignace et François-Xavier) les événements les plus marquants de la vie des deux saints ainsi que leurs miracles, en 21 épisodes pour chacun.
La vie d’Ignace est représentée par les scènes suivantes : Ignace lisant les livres saints après avoir été blessé à Pampelune (Navarre) ; Ignace écrivant ses Exercices spirituels dans une grotte de Manresa (Catalogne) ; La vocation de saint Ignace ; Ignace quitte sa famille pour se rendre à l’abbaye de Montserrat ; Ignace guérit miraculeusement une femme et bénit une femme agenouillée ; Une flamme apparaît au-dessus de la tête d’Ignace pendant la consécration ; Ignace est exalté par les anges grâce à son union avec Dieu le Père ; Dieu le Père montre Jésus portant la croix à Ignace ; Un assassin veut tuer Ignace et les anges l’en empêchent ; Le sauvetage miraculeux d’Ignace lors d’une tempête dévastatrice en mer, près de Chypre ; Dans le nord de l’Italie, Ignace est accusé à tort d’être un espion et est arrêté ; À Barcelone, Ignace sauve quelqu’un de la mort et le convertit ; À Paris, Ignace se jette dans l’eau glacée et convertit un passant ; Ignace chasse le serpent diabolique par la prière et le rosaire avec la croix ; Ignace exorcise un possédé et chasse de lui trois démons ; Ignace soigne les malades de la peste et de la syphilis dans un hôpital vénitien ; Paul Jules III reçoit Ignace et reconnaît la « Compagnie de Jésus » par la bulle Regime militantis ecclesiae ; Ignace et Philippe Néri se rencontrent à Rome ; Ignace reçoit François de Borgia ; Ignace est entouré de ses frères tandis que les anges conduisent son âme au ciel ; La mort d’Ignace.
Pour François-Xavier, on découvre en se dirigeant vers le chœur les scènes suivantes : Ignace envoie François-Xavier en Inde comme missionnaire ; François-Xavier soigne les malades dans un hôpital de Venise ; François-Xavier se flagelle ; La prière de François-Xavier sauve un serviteur et son cheval d'une rivière en crue ; À Cap Comorin (sud de l’Inde), François-Xavier distribue miraculeusement des aumônes à des marins naufragés ; François-Xavier est poursuivi par des habitants hostiles dans l’île du More ; François-Xavier chasse les personnes hostiles de la presqu’île de Comorin ; François-Xavier calme la tempête lors de la traversée du Japon à Malacca ; Sur l’île de Varenuela, un homard ramène la croix perdue de Xavier ; François-Xavier est absorbé dans la prière et assisté par deux anges ; François-Xavier suit un cavalier japonais dans son voyage de Yamaguchi à Miyako ; François-Xavier porte un malade à l'hôpital et un ange lui montre le chemin ; François-Xavier donne une catéchèse aux enfants du village de pêcheurs de Cochin ; François-Xavier écrit une lettre à Ignace ; François-Xavier en visite chez le Daimyo (seigneur local japonais) du Bongo (province du Kiou-Siou) ; François-Xavier baptise le roi des Maldives ; François-Xavier guérit un possédé ; François-Xavier prêche dans un village de pêcheurs et les gens apprennent à écouter sa parole ; François-Xavier ressuscite un mort dans une église ; La mort bienheureuse de François-Xavier.
À l’étage, le cycle des lambris, que l’on doit au même atelier que celui des collatéraux, présente le même répertoire ornemental, mais simplifié, ce qui assure une grande cohérence stylistique de l’ensemble. Le fidèle découvre en déambulant dans les galeries les épisodes de la vie publique du Christ (au sud) et de sa passion (au nord). Le cycle commence côté sud (à droite) depuis l’ouest et se déplie vers le chœur avec les scènes de la vie du Christ : le baptême du Christ, la tentation du Christ dans le désert, La vocation des apôtres saint Pierre et André, La transfiguration du Christ, L’épisode de l’impôt du temple, le Christ guérit un possédé, L’entrée à Jérusalem, La dernière Cène. La lecture reprend dans l’aile nord de l’entrée vers le chœur : Le Christ priant au jardin des Oliviers, La trahison de Judas, Le procès du Christ, La flagellation du Christ, Le couronnement d’épines, Ponce Pilate demandant au peuple s’il préfère libérer le Christ ou Barabbas, Le portement de croix, La crucifixion. Sans doute n’est-il pas anodin que les cycles se terminent au sud par la dernière Cène et au nord par la crucifixion, deux thèmes liés au sacrifice du Christ qui devaient entrer en résonance avec la célébration eucharistique – conçue comme une réitération du sacrifice du Christ – déroulée sur les autels secondaires qui constituaient l’aboutissement du cheminement du fidèle dans la nef. Enfin, on pourrait émettre l’hypothèse que ces scènes entraient en résonance avec le parcours spirituel proposé par Ignace dans ses Exercices Spirituels, quand on sait qu’ils consistent en des méditations sur « les mystères de la vie de notre Seigneur », le cycle sud correspondant à la deuxième semaine des Exercices Spirituels et le cycle nord à troisième semaine, où le fidèle vit avec le Christ le drame de sa passion.