Prier : les autels
Si les images des saints et des saintes exhibés sur les plafonds de la nef constituent des supports à la dévotion, d’autres points focaux concentrent les prières des fidèles, à commencer par le maître autel et les autels secondaires. Tandis que l’iconographie du maître autel se concentre généralement sur les saints auxquels l’église est dédiée, celle des autels secondaires est consacrée à l’histoire du Christ et de la Vierge et aux figures les plus exemplaires du christianisme, comme les saints martyrs ou les principaux saints jésuites, présentés aux fidèles et aux novices comme modèles à imiter.
À Anvers, les autels secondaires prennent place dans les absides qui terminent les collatéraux, de part et d’autre de l’autel principal. Au rez-de-chaussée, ils sont consacrés à saint Joseph (au sud) et à François-Xavier (au nord), tandis que les ceux de la galerie, plus tardifs, sont dédiés à Louis de Gonzague (au sud) et à saint Hubert (au nord).
L’autel dédié à saint Joseph présente trois scènes de la vie du Christ où Joseph est présenté comme protecteur de la Sainte Famille : une trinité terrestre au centre exécutée par Rubens et deux petites scènes dans des niches peintes sur marbre par Hendrik van Balen représentant la Fuite en Égypte et la Sainte Famille avec saint Jean-Baptiste. Faisant figure de modèle exemplaire pour les chrétiens, le culte de Joseph avait été largement encouragé par les jésuites au XVIIe siècle, notamment via le thème de la trinité terrestre qui offrait aux fidèles un modèle proche, celui de la famille terrestre, pour pratiquer la morale chrétienne.
À côté des autels, les chapelles latérales sont aussi le lieu de dévotions spécifiques. Tout en étant dépendantes de l’église, puisque leur accès s’effectue par la nef, ces chapelles possèdent un autel et sont liturgiquement indépendantes. Dans l’église Saint-Charles-Borromée, les deux chapelles latérales sont consacrées à la Vierge et Saint-Ignace, comme c’est fréquemment le cas dans les églises jésuites. Dans la chapelle de la Vierge, tout le programme iconographique s’articule autour d’une copie de la statue miraculeuse de la Vierge de Montaigu qui attirait la dévotion et les prières des fidèles. Dans la chapelle Saint-Ignace, le retable en marbre et les scènes adjacentes peintes sur marbre représentent des épisodes de la vie du saint.
Les Noms divins IHS et MR sont aussi associés à des pratiques dévotionnelles et constituent des objets auxquels les fidèles adressaient leurs prières. Leur prononciation était en effet chargée de pouvoirs exceptionnels de type prophylactique ou apotropaïque (guérison, délivrance du démon, etc.). Ces Noms divins sont disséminés partout dans l’église (plafonds peints de Rubens, plafond des chapelles latérales ou de la sacristie, etc.) Signifiant à la fois le Nom de Jésus et se référant à la Compagnie dont il était devenu le symbole, le trigramme IHS est exhibé de manière monumentale au centre de la façade sur une surface qui devait à l’origine reluire comme un miroir. En dessous du monogramme, les trois clous qui servirent à fixer le corps du Christ sur la croix symbolisent le christ souffrant. Le Nom divin, qui valait pour l’image de l’être qu’il désigne, fait l’objet de l’adoration des anges au Paradis qui le portent vers une couronne, comme promesse du salut.
Pour prier pour leur propre salut et méditer sur le Christ souffrant pour le salut des hommes, les fidèles pouvaient parcourir les lambris de l’étage qui illustrent les thèmes de la vie publique du Christ (au sud) et sa passion (au nord) tandis que les médaillons présents sous le jubé illustrent les œuvres de miséricorde.